Forschung innerhalb der Praxis für Infektiologie fokussiert auf Studien nosokomialer Infektionen, Infektionen von Gelenksprothesen und Lyme-Borreliose. Als Sekretär der European Study Group for Nosocomial Infections (ESGNI) der European Society for Clinical Microbiology and Infectious Diseases (ESCMID) beteiligt sich Professor Ruef an internationalen kollaborativen Studien auf dem Gebiet der nosokomialen Infektionen.
Aus-, Fort- und Weiterbildung: Der Praxisleiter ist Titularprofessor an der Medizinischen Fakultät der Universität Zürich. Im Rahmen des Medizinstudiums sowie auch des Biologiestudiums unterrichtet Professor Ruef in Vorlesungen und Kursen. Zusätzlich betreut er Studierende im Rahmen von Masterarbeiten. Weitere edukative Aktivitäten des Abteilungsleiters umfassen die Durchführung regelmässiger Fort- und Weiterbildungsveranstaltungen innerhalb der Klinik Hirslanden.